Diversity, Dynamics and Functional Role of Actinomycetes on European Smear Ripened Cheeses

پنیر بخش مهمی از فرهنگ اروپایی است و تولید آن، چه صنعتی و چه صنعتی، یک فعالیت اقتصادی قابل توجه است. پنیرهای اسمیر یکی از عناصر آن فعالیت فرهنگی و اقتصادی متنوع است. و آنها یک طاقچه اکولوژیکی هستند که تنوع اکتینومیست ها، به ویژه، هرچند نه منحصراً، را نشان می دهد. بوم‌شناسی جریان اصلی به اقیانوس‌ها، خاک، ریزوسفر، میکروبیوم‌های انسان و همزیستی‌های گیاهی، حشرات و جانوران دریایی می‌پردازد که بر اقلیم، کشاورزی، سلامت انسان و اکولوژی موجودات برتر تأثیر می‌گذارند. اما میکروبیولوژی مواد غذایی می تواند بر رفاه و تغذیه انسان تأثیر بگذارد و به عنوان یک جایگاه اکولوژیکی، همان اصول گسترده ای را در عمل به عنوان سایر مطالعات اکولوژیکی نشان می دهد، اما از بسیاری جهات محیط کنترل شده و قابل کنترل تری را برای مطالعه ارائه می دهد. تنوع باکتریایی موجود در سطوح پنیر اسمیر مانند یک سیستم مدل است که وسیله ای برای توسعه یک استراتژی تحقیقاتی برای میکروبیولوژی مواد غذایی-محیط زیستی فراهم می کند. در این کتاب با تمرکز بر اکتینومیست ها نگاهی به جایگاه اکولوژیکی مبتنی بر مواد غذایی می اندازیم. این کتاب بسیاری از جنبه ها را ارائه می دهد، از طبقه بندی فلور پنیر و تعامل آن با "فلور خانه" تا دستکاری عملکردی خواص ارگانولپتیکی محصولات لبنی تا خطر بیماری زایی. روش‌های مدرن توصیف طبقه‌بندی داده‌های قابل‌توجهی در درک نقش‌های عملکردی اعضای فلور میکروبی از جمله پتانسیل آنزیمی، حضور ژن‌های حدت یا عوامل پروبیوتیک ارائه می‌دهند. تجزیه و تحلیل متاژنوم با توان بالا با هدایت تاکسونومی یک رویکرد عمومی برای تجزیه و تحلیل سطح سیستم های اکوسیستم های میکروبی است، مانند آنهایی که در زنجیره غذایی یافت می شوند. داده های تولید شده توسط تجزیه و تحلیل متاژنومیک به پشتیبانی بیوانفورماتیک گسترده ای نیاز دارد که داده ها را نه تنها برای توصیف طبقه بندی، تجزیه و تحلیل جامعه و پویایی اکوسیستم فراهم می کند، بلکه داده ها همچنین جایگاهی برای تکامل و عملکرد اکوسیستم جامعه فراهم می کند. درک نهایی متابولوم و تنظیم چنین اکوسیستم پیچیده ای چارچوبی را برای پیشرفت های تکنولوژیکی بیشتر در تخمیر حالت جامد فراهم می کند.

Cheese is a significant part of European culture and its production, both industrial and artisanal, is a significant economic activity. Smear cheeses are one element of that diverse cultural and economic activity. And they are an ecological niche which illustrates the diversity of, especially, though not exclusively, actinomycetes. Mainstream ecology looks at the oceans, soil, rhizosphere, human microbiomes and plant, insect and marine animal symbionts which influence the climate, agriculture, human health and the ecology of higher organisms. But food microbiology can influence human well-being and nutrition and, as an ecological niche, illustrates the same broad principles in action as other ecological studies, but, in many ways offers a more controlled and controllable environment to study. The bacterial diversity present on smear cheese surfaces is like a model system which will provide the vehicle for developing a research strategy for food-environment microbiology. In this book we take a look at food-based ecological niche by focusing on the actinomycetes. This book presents many of the aspects, from the taxonomy of the cheese flora and its interaction with the ‘house flora’ to the functional manipulation of the organoleptic properties of the dairy product to the pathogenic risk. Modern methods of taxonomic characterization provide significant data in understanding the functional roles of members of the microbial flora including their enzymatic potential, the presence of virulence genes or probiotic factors. Taxonomy guided high throughput metagenome analysis is a generic approach to systems level analysis of microbial ecosystems, such as those found in the food chain. The data generated by metagenomic analysis will require extensive bioinformatic support which will provide the data not only for taxonomic characterization, community analysis and ecosystem dynamics but the data will also provide a foothold into the evolution and ecosystem function of the community. The ultimate understanding of the metabolome and the regulation of such a complex ecosystem will provide the framework for further technological advances in solid state fermentation.