Difference Gel Electrophoresis (DIGE): Methods and Protocols

تجزیه و تحلیل پروتئین به طور فزاینده ای به سنگ بنای رمزگشایی مکانیسم های مولکولی حیات تبدیل می شود. پروتئومیکس، تجزیه و تحلیل در مقیاس بزرگ و با حساسیت بالا از پروتئین ها، در حال حاضر برای علوم جدید زندگی مانند زیست شناسی سیستم ها و پزشکی سیستم ها بسیار مهم است. با این حال، پروتئومیکس به شدت بر پیشرفت‌های گذشته و آینده روش‌های خالص‌سازی و تجزیه پروتئین متکی است. DIGE، قادر به تعیین کمیت پروتئین ها در شکل دست نخورده آنها، یکی از معدود روش هایی است که می تواند این نوع آنالیز را تسهیل کند و همچنان ایزوفرم های پروتئینی را در حالت سازگار با MS برای شناسایی و مشخصه های بیشتر با حساسیت تحلیلی بالا ارائه دهد. الکتروفورز ژل دیفرانسیل: روش ها و پروتکل ها مفهوم DIGE و مزایای آن را در تجزیه و تحلیل کمی پروتئین معرفی می کند. این پروتکل های دقیق و یادداشت های مهم در مورد جنبه های عملی DIGE با کاربردهای عمومی و خاص در زمینه های مختلف پروتئومیکس کمی ارائه می دهد. این جلد مفصل که به چهار بخش مختصر تقسیم شده است، با اصول DIGE، تکنیک و جزئیات عملی آن با تمرکز بر برنامه ریزی آزمایش DIGE و تجزیه و تحلیل داده های آن باز می شود. بخش بعدی روش‌های مختلف DIGE را از روش‌هایی که توسط دانشمندان در سراسر جهان به کار می‌رود تا روش‌های جدیدتر معرفی می‌کند و نگاهی به آنچه در افق در جهان DIGE وجود دارد، ارائه می‌کند. این جلد با مروری بر طیف گسترده ای از کاربردهای DIGE از پروتئومیکس بالینی گرفته تا برنامه های کاربردی پروتئومیکس حیوانات، گیاهان و میکروبی بسته می شود. این فصل‌ها با فرمت بسیار موفق روش‌ها در زیست‌شناسی مولکولی™ نوشته شده‌اند، شامل مقدمه‌ای درباره موضوعات مربوطه، فهرستی از مواد و معرف‌های لازم، پروتکل‌های آزمایشگاهی گام به گام و به آسانی قابل تکرار، و یادداشت‌هایی در مورد عیب یابی و اجتناب از مشکلات شناخته شده.

معتبر و در دسترس، الکتروفورز ژل دیفرانسیل: روش ها و پروتکل ها می تواند توسط افراد تازه کار با سابقه ای در بیوشیمی یا زیست شناسی مولکولی و همچنین استفاده شود. توسط کارشناسان Proteomics که مایلند درک خود را از DIGE و استفاده از آن در بسیاری از خط فاصله ها و زمینه های کاربردی عمیق تر کنند. با پروتکل‌ها، برنامه‌های کاربردی و انواع روش‌شناختی فراوان، همچنین مرجعی منحصربه‌فرد برای همه کسانی است که به دنبال جزئیات اساسی در مورد اصل کار DIGE و ایده‌هایی برای استفاده‌های احتمالی در آینده از DIGE در رویکردهای تحلیلی جدید هستند.

Protein analysis is increasingly becoming a cornerstone in deciphering the molecular mechanisms of life. Proteomics, the large-scale and high-sensitivity analysis of proteins, is already pivotal to the new life sciences such as Systems Biology and Systems Medicine. Proteomics, however, relies heavily on the past and future advances of protein purification and analysis methods. DIGE, being able to quantify proteins in their intact form, is one of a few methods that can facilitate this type of analysis and still provide the protein isoforms in an MS-compatible state for further identification and characterization with high analytical sensitivity. Differential Gel Electrophoresis: Methods and Protocols introduces the concept of DIGE and its advantages in quantitative protein analysis. It provides detailed protocols and important notes on the practical aspects of DIGE with both generic and specific applications in the various areas of Quantitative Proteomics. Divided into four concise sections, this detailed volume opens with the basics of DIGE, the technique and its practical details with a focus on the planning of a DIGE experiment and its data analysis. The next section introduces various DIGE methods from those employed by scientists world-wide to more novel methods, providing a glance at what is on the horizon in the DIGE world. The volume closes with an overview of the wide range of DIGE applications from Clinical Proteomics to Animal, Plant, and Microbial Proteomics applications. Written in the highly successful Methods in Molecular Biology™ series format, chapters contain introductions to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible laboratory protocols, and notes on troubleshooting and avoiding known pitfalls.

Authoritative and accessible, Differential Gel Electrophoresis: Methods and Protocols can be used by novices with some background in biochemistry or molecular biology as well as by experts in Proteomics who would like to deepen their understanding of DIGE and its employment in many hyphenations and application areas. With its many protocols, applications, and methodological variants, it is also a unique reference for all who seek fundamental details on the working principle of DIGE and ideas for possible future uses of DIGE in novel analytical approaches.