Data Integration in the Life Sciences: 4th International Workshop, DILS 2007, Philadelphia, PA, USA, June 27-29, 2007. Proceedings

درک مکانیسم‌های دخیل در زندگی (به عنوان مثال، کشف عملکرد بیولوژیکی پروتئین‌ها، استنباط تکامل بافت گونه‌ها) به طور فزاینده‌ای به ریاضیات پیشرفته، علوم کامپیوتر و مهندسی مولکولی وابسته می‌شود. در 30 سال گذشته، فناوری‌های جدید با توان عملیاتی بالا توسعه یافته‌اند که مقادیر زیادی داده را تولید می‌کنند که در بسیاری از منابع داده در وب توزیع شده‌اند، با درجه بالایی از ناهمگونی معنایی و سطوح کیفیت متفاوت. با این حال، یک داده به خودی خود برای کشف علمی کافی نیست. در عوض، باید با داده‌های دیگر ترکیب شود و توسط ابزارهای بیوانفورماتیک پردازش شود تا الگوها، شباهت‌ها و اتفاقات غیرعادی مشاهده شوند. بنابراین، ادغام داده ها و داده کاوی هر دو در علم زندگی از اهمیت بالایی برخوردار هستند. DILS 2007 چهارمین کارگاه از مجموعه کارگاه‌هایی بود که هدف آن تقویت بحث، تبادل و نوآوری در تحقیق و توسعه در زمینه‌های یکپارچه‌سازی داده‌ها و مدیریت داده‌ها برای علوم زیستی است. هر کارگاه قبلی DILS حدود 100 محقق را از سراسر جهان جذب می کرد. امسال تعداد مقالات ارسالی مجددا افزایش یافت. کمیته برنامه - 19 مقاله از 52 ارسال کامل را انتخاب کرد. مقالات DILS 2007 طیف گسترده ای از مسائل نظری و عملی از جمله کارهای علمی، - نمادگذاری در یکپارچه سازی داده ها، نقشه برداری و تکنیک های تطبیق، و مدل سازی داده های علوم زیستی را پوشش می دهد. در میان مقالات، ما 13 مقاله را که تحقیقاتی را در مورد مدل‌ها، روش‌ها یا الگوریتم‌های جدید ارائه می‌کردند و 6 مقاله که پیاده‌سازی سیستم‌ها یا تجربه با سیستم‌ها را در عمل ارائه می‌کردند، متمایز کردیم. علاوه بر مقالات ارائه شده، DILS 2007 دو سخنرانی کلیدی توسط Kenneth H. Buetow، موسسه ملی سرطان، و Junhyong Kim، دانشگاه پنسیلوانیا را به نمایش گذاشت.

Understanding the mechanisms involved in life (e. g. , discovering the biological functionofasetofproteins,inferringtheevolutionofasetofspecies)isbecoming increasinglydependent onprogressmade inmathematics,computer science,and molecular engineering. For the past 30 years, new high-throughput technologies have been developed generating large amounts of data, distributed across many data sources on the Web, with a high degree of semantic heterogeneity and di?erentlevelsofquality. However,onesuchdatasetisnot,byitself,su?cientfor scienti?c discovery. Instead, it must be combined with other data and processed by bioinformatics tools for patterns, similarities, and unusual occurrences to be observed. Both data integration and data mining are thus of paramount importance in life science. DILS 2007 was the fourth in a workshop series that aims at fostering d- cussion, exchange, and innovation in research and development in the areas of data integration and data management for the life sciences. Each previous DILS workshop attracted around 100 researchers from all over the world. This year, the number of submitted papers again increased. The Program Committee - lected 19 papers out of 52 full submissions. The DILS 2007 papers cover a wide spectrum of theoretical and practical issues including scienti?c work?ows, - notation in data integration, mapping and matching techniques, and modeling of life science data. Among the papers, we distinguished 13 papers presenting research on new models, methods, or algorithms and 6 papers presenting imp- mentation of systems or experience with systems in practice. In addition to the presented papers, DILS 2007 featured two keynote talks by Kenneth H. Buetow, National Cancer Institute, and Junhyong Kim, University of Pennsylvania.