Computer Simulations of Protein Structures and Interactions

یادداشت‌های سخنرانی در شیمی مهندسی پروتئین تلاش می‌کند تا پپتیدها و پروتئین‌های جدید طراحی کند یا ویژگی‌های ساختاری و/یا عملکردی نمونه‌های موجود را برای اهداف خاص تغییر دهد و راه را برای توسعه داروهای جدید، واکسن‌ها و آنزیم‌های صنعتی باز کند. شبیه سازی به کمک کامپیوتر به عنوان ابزار کمکی در این کار نقش مهمی ایفا می کند. این کار به روشی جامع فرمول نظری روش‌های مورد استفاده در مدل‌سازی و پیش‌بینی به کمک کامپیوتر را توسعه می‌دهد، از مفاهیم اولیه شروع می‌شود و تا روش‌های پیچیده‌تر، مانند مونت کارلو و دینامیک مولکولی ادامه می‌یابد. ارزیابی تقریب‌های ذاتی شبیه‌سازی‌ها به خواننده این امکان را می‌دهد تا دیدگاهی از کمبودها و مشکلات احتمالی به دست آورد و با انتظارات واقع بینانه به کار نزدیک شود. نمونه‌هایی از آزمایشگاه‌های نویسندگان، و همچنین از ادبیات، اطلاعات مفیدی را ارائه می‌دهند.

Lecture Notes in Chemistry Protein engineering endeavors to design new peptides and proteins or to change the structural and/or functional characteristics of existing ones for specific purposes, opening the way for the development of new drugs, vaccines, and industrial enzymes. Computer assisted simulations play an important role, as an auxiliary tool, in this task. This work develops in a comprehensive way the theoretical formulation for the methods used in computer-assisted modeling and predictions, starting from the basic concepts and proceeding to the more sophisticated methods, such as Monte Carlo and molecular dynamics. An evaluation of the approximations inherent to the simulations will allow the reader to obtain a perspective of the possible deficiencies and difficulties and approach the task with realistic expectations. Examples from the authors laboratories, as well as from the literature provide useful information.