دسترسی نامحدود
برای کاربرانی که ثبت نام کرده اند
دانلود کتاب Computational Methods in Protein Evolution
دانلود کتاب روش‌های محاسباتی در تکامل پروتئین
مشخصات کتاب
Computational Methods in Protein Evolution
ویرایش: 1st ed.
نویسندگان: Tobias Sikosek
سری: Methods in Molecular Biology 1851
ISBN (شابک) : 9781493987351
ناشر: Springer New York;Humana Press
سال نشر: 2019
تعداد صفحات: 421
زبان: English
فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود)
حجم فایل: 14 مگابایت
قیمت کتاب (تومان) : 52,000
در صورت ایرانی بودن نویسنده امکان دانلود وجود ندارد و مبلغ عودت داده خواهد شد
کلمات کلیدی مربوط به کتاب روش‌های محاسباتی در تکامل پروتئین: علوم زیستی، علوم پروتئین
در صورت تبدیل فایل کتاب Computational Methods in Protein Evolution به فرمت های PDF، EPUB، AZW3، MOBI و یا DJVU می توانید به پشتیبان اطلاع دهید تا فایل مورد نظر را تبدیل نمایند.
توجه داشته باشید کتاب روش‌های محاسباتی در تکامل پروتئین نسخه زبان اصلی می باشد و کتاب ترجمه شده به فارسی نمی باشد. وبسایت اینترنشنال لایبرری ارائه دهنده کتاب های زبان اصلی می باشد و هیچ گونه کتاب ترجمه شده یا نوشته شده به فارسی را ارائه نمی دهد.
توضیحاتی در مورد کتاب روش‌های محاسباتی در تکامل پروتئین
این جلد مجموعه متنوعی از روش‌های مورد استفاده برای مطالعه
مشکلات مختلف در سطح توالی پروتئین و ساختار را ارائه می‌کند.
فصل‌های این کتاب به موضوعاتی می‌پردازد که از مفاهیم گسترده‌ای
مانند فضای پروتئین گرفته تا ویژگی‌هایی مانند مدل‌سازی
آنتی‌بادی را شامل می‌شود. موضوعات شامل جهش‌های نقطه‌ای، تکرار
ژن، ظهور نو ژن‌های جدید، جهش‌های همبسته زوجی، بازسازی
پروتئین اجدادی، مدل‌سازی همسانی، پایداری و پویایی پروتئین، و
برهمکنش‌های پروتئین-پروتئین است. این کتاب همچنین طیف گسترده
ای از رویکردهای محاسباتی، از جمله ترازهای توالی و ساختار،
فیلوژنی، رویکردهای مبتنی بر فیزیک و ریاضی، یادگیری ماشین و
غیره را پوشش می دهد. این فصل‌ها که با فرمت بسیار موفق
روش‌ها در زیست‌شناسی مولکولی نوشته شده‌اند، شامل
مقدمه‌ای بر موضوعات مربوطه، فهرستی از مواد لازم و پیش‌نیازها،
پروتکل‌های محاسباتی گام به گام و به آسانی قابل تکرار (با
استفاده از خط فرمان یا رابط های گرافیکی کاربر، گاهی اوقات
شامل کد کامپیوتری، و نکاتی در مورد عیب یابی و اجتناب از
مشکلات شناخته شده است.
بهترین و معتبر، روش های محاسباتی در تکامل پروتئین منبع
ارزشمندی است که مفید است. جریان‌های کاری و تکنیک‌هایی که هم
به محققان تازه‌کار و هم به محققان متخصص که از نظر محاسباتی با
پروتئین‌ها کار می‌کنند کمک می‌کند.
توضیحاتی درمورد کتاب به خارجی
This volume presents a diverse collection of methodologies
used to study various problems at the protein sequence and
structure level. The chapters in this book look at issues
ranging from broad concepts like protein space to specifics
like antibody modeling. Topics include point mutations, gene
duplication, de novo emergence of new genes, pairwise
correlated mutations, ancestral protein reconstruction,
homology modelling, protein stability and dynamics, and
protein-protein interactions. The book also covers a wide
range of computational approaches, including sequence and
structure alignments, phylogenies, physics-based and
mathematical approaches, machine learning, and more. Written
in the highly successful Methods in Molecular Biology
series format, chapters include introductions to their
respective topics, lists of the necessary materials and
prerequisites, step-by-step, readily reproducible
computational protocols (using command line or graphical user
interfaces, sometimes including computer code), and tips on
troubleshooting and avoiding known pitfalls.
Cutting-edge and authoritative, Computational Methods in
Protein Evolution is a valuable resource that offers
useful workflows and techniques that will help both novice
and expert researchers working with proteins computationally.
فهرست مطالب
Front Matter ....Pages i-xiii
Predicting the Effect of Mutations on Protein Folding and Protein-Protein Interactions (Alexey Strokach, Carles Corbi-Verge, Joan Teyra, Philip M. Kim)....Pages 1-17
Accurate Calculation of Free Energy Changes upon Amino Acid Mutation (Matteo Aldeghi, Bert L. de Groot, Vytautas Gapsys)....Pages 19-47
Protocols for the Molecular Evolutionary Analysis of Membrane Protein Gene Duplicates (Laurel R. Yohe, Liang Liu, Liliana M. Dávalos, David A. Liberles)....Pages 49-62
Computational Prediction of De Novo Emerged Protein-Coding Genes (Nikolaos Vakirlis, Aoife McLysaght)....Pages 63-81
Coevolutionary Signals and Structure-Based Models for the Prediction of Protein Native Conformations (Ricardo Nascimento dos Santos, Xianli Jiang, Leandro Martínez, Faruck Morcos)....Pages 83-103
Detecting Amino Acid Coevolution with Bayesian Graphical Models (Mariano Avino, Art F. Y. Poon)....Pages 105-122
Context-Dependent Mutation Effects in Proteins (Frank J. Poelwijk)....Pages 123-134
High-Throughput Reconstruction of Ancestral Protein Sequence, Structure, and Molecular Function (Kelsey Aadland, Charles Pugh, Bryan Kolaczkowski)....Pages 135-170
Ancestral Sequence Reconstruction as a Tool for the Elucidation of a Stepwise Evolutionary Adaptation (Kristina Straub, Rainer Merkl)....Pages 171-182
Enhancing Statistical Multiple Sequence Alignment and Tree Inference Using Structural Information (Joseph L. Herman)....Pages 183-214
The Influence of Protein Stability on Sequence Evolution: Applications to Phylogenetic Inference (Ugo Bastolla, Miguel Arenas)....Pages 215-231
Navigating Among Known Structures in Protein Space (Aya Narunsky, Nir Ben-Tal, Rachel Kolodny)....Pages 233-249
A Graph-Based Approach for Detecting Sequence Homology in Highly Diverged Repeat Protein Families (Jonathan N. Wells, Joseph A. Marsh)....Pages 251-261
Exploring Enzyme Evolution from Changes in Sequence, Structure, and Function (Jonathan D. Tyzack, Nicholas Furnham, Ian Sillitoe, Christine M. Orengo, Janet M. Thornton)....Pages 263-275
Identification of Protein Homologs and Domain Boundaries by Iterative Sequence Alignment (Dustin Schaeffer, Nick V. Grishin)....Pages 277-286
A Roadmap to Domain Based Proteomics (Carsten Kemena, Erich Bornberg-Bauer)....Pages 287-300
Modeling of Protein Tertiary and Quaternary Structures Based on Evolutionary Information (Gabriel Studer, Gerardo Tauriello, Stefan Bienert, Andrew Mark Waterhouse, Martino Bertoni, Lorenza Bordoli et al.)....Pages 301-316
Interface-Based Structural Prediction of Novel Host-Pathogen Interactions (Emine Guven-Maiorov, Chung-Jung Tsai, Buyong Ma, Ruth Nussinov)....Pages 317-335
Predicting Functions of Disordered Proteins with MoRFpred (Christopher J. Oldfield, Vladimir N. Uversky, Lukasz Kurgan)....Pages 337-352
Exploring Protein Conformational Diversity (Alexander Miguel Monzon, Maria Silvina Fornasari, Diego Javier Zea, Gustavo Parisi)....Pages 353-365
High-Throughput Antibody Structure Modeling and Design Using ABodyBuilder (Jinwoo Leem, Charlotte M. Deane)....Pages 367-380
In Silico-Directed Evolution Using CADEE (Beat Anton Amrein, Ashish Runthala, Shina Caroline Lynn Kamerlin)....Pages 381-415
Correction to: Enhancing Statistical Multiple Sequence Alignment and Tree Inference Using Structural Information (Joseph L. Herman)....Pages E1-E1
Back Matter ....Pages 417-420
