Computational Methods for Processing and Analysis of Biological Pathways

این کار یک مطالعه راهنما از یکی از امیدوارکننده‌ترین حوزه‌های تحقیقاتی در علوم زندگی مدرن ارائه می‌دهد، که درک عمیق‌تری از مفاهیم و روش‌شناسی درگیر را از طریق یک دیدگاه بین‌رشته‌ای، با تمرکز بر روی هر دو رویکرد تثبیت‌شده و تحقیقات پیشرفته امکان‌پذیر می‌سازد. متن با برجسته کردن آنچه که تحلیل مسیر می‌تواند به آزمایش‌گر و مدل‌ساز ارائه دهد، با مقدمه‌ای بر روش‌شناسی کلی باز می‌شود که جریان‌های کاری مشترک را که با چندین روش مشترک است، تشریح می‌کند. این با مروری بر رویکردهای مبتنی بر مسیر و مسیر فرعی برای فارماکولوژی سیستم ها دنبال می شود. سپس این کار مروری بر روش‌های تحلیل مسیر ایجاد شده برای مدل‌سازی جنبه‌های زمانی اختلالات ناشی از دارو یا بیماری و استخراج مضامین پویا مربوطه ارائه می‌کند. متن با بحث در مورد چندین روش پیشرفته در تحلیل مسیر، که به مشکل مهم شناسایی مسیرها و مسیرهای فرعی بیان شده متفاوت می پردازد، به پایان می رسد.

This work offers a guided walkthrough of one of the most promising research areas in modern life sciences, enabling a deeper understanding of involved concepts and methodologies via an interdisciplinary view, focusing on both well-established approaches and cutting-edge research. Highlighting what pathway analysis can offer to both the experimentalist and the modeler, the text opens with an introduction to a general methodology that outlines common workflows shared by several methods. This is followed by a review of pathway and sub-pathway based approaches for systems pharmacology. The work then presents an overview of pathway analysis methods developed to model the temporal aspects of drug- or disease-induced perturbations and extract relevant dynamic themes. The text concludes by discussing several state-of-the-art methods in pathway analysis, which address the important problem of identifying differentially expressed pathways and sub-pathways.