Comparative Gene Finding: Models, Algorithms and Implementation

این کتاب راهنمای ساخت ژن یاب های محاسباتی را ارائه می دهد و وضعیت هنر در روش های یافتن ژن محاسباتی را با تمرکز بر رویکردهای مقایسه ای توصیف می کند. این نسخه جدید که کاملاً به روز شده و گسترش یافته است، فناوری نسل بعدی توالی یابی (NGS) را بررسی می کند. این کتاب همچنین زمینه‌های تصادفی شرطی را مورد بحث قرار می‌دهد و پوشش گسترده موضوعاتی را که شامل نظریه احتمال، آمار، تئوری اطلاعات، نظریه بهینه‌سازی و تحلیل عددی می‌شود، افزایش می‌دهد. ویژگی ها: اصطلاحات و مفاهیم اساسی در این زمینه را معرفی می کند. الگوریتم‌هایی را برای یافتن ژن تک‌گونه‌ای، و رویکردهایی برای هم‌ترازی‌های توالی دوتایی و چندگانه مورد بحث قرار می‌دهد، سپس توضیح می‌دهد که چگونه می‌توان نقاط قوت در هر دو حوزه را برای بهبود دقت یافتن ژن ترکیب کرد. ویژگی‌های ژنی که معمولاً توسط یک مدل ژن محاسباتی ثبت می‌شوند را بررسی می‌کند و اصول اولیه آموزش پارامترها را توضیح می‌دهد. نحوه اجرای یک ژن یاب مقایسه ای را نشان می دهد. تکنیک‌های NGS و نحوه ایجاد خط لوله حاشیه‌نویسی ژنوم را بررسی می‌کند.

This book presents a guide to building computational gene finders, and describes the state of the art in computational gene finding methods, with a focus on comparative approaches. Fully updated and expanded, this new edition examines next-generation sequencing (NGS) technology. The book also discusses conditional random fields, enhancing the broad coverage of topics spanning probability theory, statistics, information theory, optimization theory and numerical analysis. Features: introduces the fundamental terms and concepts in the field; discusses algorithms for single-species gene finding, and approaches to pairwise and multiple sequence alignments, then describes how the strengths in both areas can be combined to improve the accuracy of gene finding; explores the gene features most commonly captured by a computational gene model, and explains the basics of parameter training; illustrates how to implement a comparative gene finder; examines NGS techniques and how to build a genome annotation pipeline.