Cis/Transgene Optimization

این کتاب یک بررسی عملی است که بر تحلیل محاسباتی و رویکردهای در سیلیکو در جهت کشف سیستماتیک عناصر مختلف بیان ژن عملکردی کلیدی در ریزجلبک ها به عنوان یک مدل تمرکز دارد. تاکنون اطلاعات بسیار کمی در این زمینه در دسترس است. روش‌های گام به گام کارآمد برای تجزیه و تحلیل مناطق پیوست ماتریس (MARs) و همچنین برای مکان‌های شروع ترجمه (TIS)، توالی‌های پپتید سیگنال (SP)، بهینه‌سازی ژن و سیستم‌های تبدیل مشخص شده‌اند. این طرح‌ها را می‌توان به‌عنوان مدل‌های عملی برای کشف سیستماتیک عناصر بیان کلیدی و برای بهینه‌سازی ژن‌های cis/transgenes در سایر میکروارگانیسم‌ها به کار برد.

فصل اول مقدمه‌ای است بر عناصر کلیدی بیان ژن که در این کتاب مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته‌اند، از جمله مناطق اتصال داربست/ماتریس، مکان‌های شروع ترجمه، پپتیدهای سیگنال و همچنین بهینه‌سازی ژن. فصل 2 بر استراتژی‌های سیستماتیک و رویکردهای محاسباتی در جهت تحلیل در سیلیکو هر عامل تمرکز دارد. نتایج تجزیه و تحلیل ها به صورت جداگانه در فصل 3 ارزیابی می شود و سپس مدل های مفهومی خاص برای هر عنصر در فصل 4 توسعه می یابد. اظهارات پایانی در فصل 5 مورد بحث قرار می گیرد.

این کار شامل علاقه به زیست شناسان محاسباتی و تجربی علاقه مند به تجزیه و تحلیل مقررات رونویسی و همچنین به محققان و دانشمندانی که مایلند استفاده از بیوانفورماتیک و زیست شناسی محاسباتی را در طراحی، تجزیه و تحلیل، یا بررسی های نظارتی عناصر کلیدی بیان ژن برای تولید آزمایش های پروتئین های نوترکیب در نظر بگیرند.

This book is a practical review which focuses on computational analysis and on in silico approaches towards the systematic discovery of various key functional gene expression elements in microalgae as a model. So far, in this regard very little information is available. Efficient stepwise procedures for analysing the matrix attachment regions (MARs) are outlined, as well as for translation initiation sites (TIS), signal peptide (SP) sequences, gene optimization and transformation systems. These outlines can be efficiently deployed as practical models for the systematic discovery of key expression elements and for the optimization of cis/transgenes in other micro/organisms.

The first chapter is an introduction on the key gene expression elements analysed in this book, including scaffold/matrix attachment regions, translation initiation sites, signal peptides as well as gene optimization. Chapter 2 focuses on systematic strategies and computational approaches toward in silico analysis of each factor. The analyses outcomes is assessed individually in chapter 3 followed by developing the specific conceptual models for each element in Chapter 4. The concluding remarks are discussed in Chapter 5.

This work is of interest to computational and experimental biologists interested in transcriptional regulation analysis as well as to researchers and scientists who wish to consider the use of bioinformatics and computational biology in design, analysis, or regulatory reviews of key gene expression elements for the production of recombinant proteins experiments.