Brian sequence analysis

 Electronic Resources......Page 7
 Textbooks......Page 8
 Journal sources......Page 9
 Logging on/off......Page 10
 UNIX File System......Page 11
Commands......Page 13
Redirection......Page 15
Shells......Page 16
Background Processes......Page 17
Editors......Page 18
Communications......Page 20
Mail......Page 21
Letter Codes for Sequences......Page 22
Introduction......Page 25
 N.C.B.I.......Page 27
E.M.B.L.......Page 32
SwissProt......Page 33
Organization of the entries......Page 35
Other Major Databases......Page 36
NCBI retrieve......Page 38
EMBL get......Page 39
Reliability......Page 40
Sequence File Formats......Page 41
 FASTA......Page 51
 BLAST......Page 57
 BLITZ......Page 68
 BLOCKS......Page 72
 BLOCKS output......Page 73
Getting the Block......Page 76
 Why you should routinely check your sequence......Page 79
USENET......Page 81
Web Search Engines......Page 82
 File Servers......Page 83
Databases of Databases: LiMB......Page 84
The Exact Way......Page 85
Identity Blocks......Page 87
The Needleman and Wunsch Algorithm......Page 94
The Smith-Waterman Algorithm......Page 97
Testing Significance......Page 98
``Natural" Gap Weights - Thorne, Kishino & Felsenstein......Page 101
Multiple Sequence Alignments......Page 102
 Simple counts as a distance measure......Page 105
 Jukes - Cantor Correction......Page 106
 Kimura 2-parameter Correction......Page 107
 Uneven spatial distribution of substitutions......Page 108
 Amino acid distance measures......Page 110
PAM Matrices......Page 111
BLOSUM Matrices......Page 112
GONNET Matrix......Page 113
Gap Weighting......Page 114
 Trees of what......Page 115
 Terminology......Page 117
 Distance Methods......Page 119
 Parsimony Methods......Page 121
 Maximum Likelihood methods......Page 123
 Method of Invariants......Page 124
 Quartet Methods......Page 126
 Warnings......Page 127
 Available Packages......Page 128
 PHYLIP Contents......Page 132
Information Theory......Page 145
Chargaff's Rules......Page 147
Analysis of Sequence Motifs......Page 149
Information Content of Sequence Motifs......Page 151
Searching for Sequence Motifs......Page 153
Open Reading Frames......Page 155
 Software......Page 156
Codon Usage......Page 159
 Codon Pattern by Position......Page 160
 Synonymous Codon Choices and Codon Bias......Page 163
 Synonymous Codon Bias and the Divergence Rate of Genes......Page 169