Biophysics of DNA-Protein Interactions: From Single Molecules to Biological Systems

این کتاب مروری مختصر از تحقیقات فعلی در مورد بیوفیزیک تعاملات DNA-پروتئین ارائه می‌کند. طیف وسیعی از روش‌های جدید و کلاسیک توسط نویسندگانی که مکانیسم‌های فیزیکی تعامل پروتئین‌ها با DNA را بررسی می‌کنند، ارائه شده‌اند. به عنوان مثال، چندین فصل به مکانیسم هایی می پردازد که توسط آن پروتئین ها مکان های اتصال خاص روی DNA را جستجو و شناسایی می کنند، فرآیندی که برای عملکرد سلولی حیاتی است. روش‌های تک مولکولی مانند طیف‌سنجی نیرو و همچنین تصویربرداری و ردیابی فلورسانس در این فصل‌ها و همچنین بخش‌های دیگر کتاب که به پویایی برهمکنش‌های پروتئین-DNA می‌پردازد، توضیح داده شده‌اند. موضوعات مهم دیگر شامل مکانیسم هایی است که توسط آن پروتئین ها توالی های DNA را درگیر می کنند و/یا ساختار DNA را تغییر می دهند. سپس این برهمکنش‌های ساده اما مهم مدل در زمینه بیولوژیکی گسترده‌تر با بحث در مورد کمپلکس‌های پروتئین-DNA بزرگتر قرار می‌گیرند. موضوعات شامل چنگال های همانندسازی، کمپلکس های نوترکیبی، برهمکنش های ترمیم DNA و در نهایت، روش هایی برای درک بافت کروماتین هسته سلول است. این کتاب برای خوانندگانی که مایلند رویکردهای بیوفیزیکی کنونی برای تعاملات DNA-پروتئین در سطوح مختلف پیچیدگی بیولوژیکی را بررسی کنند، جالب خواهد بود.

This book presents a concise overview of current research on the biophysics of DNA-protein interactions. A wide range of new and classical methods are presented by authors investigating physical mechanisms by which proteins interact with DNA. For example, several chapters address the mechanisms by which proteins search for and recognize specific binding sites on DNA, a process critical for cellular function. Single molecule methods such as force spectroscopy as well as fluorescence imaging and tracking are described in these chapters as well as other parts of the book that address the dynamics of protein-DNA interactions. Other important topics include the mechanisms by which proteins engage DNA sequences and/or alter DNA structure. These simple but important model interactions are then placed in the broader biological context with discussion of larger protein-DNA complexes . Topics include replication forks, recombination complexes, DNA repair interactions, and ultimately, methods to understand the chromatin context of the cell nucleus. This book will be of interest to readers who wish to explore current biophysical approaches to DNA-protein interactions across multiple levels of biological complexity.