Biomolecular Simulations: Methods and Protocols

این جلد به بررسی پیشرفت‌های اخیر در شبیه‌سازی‌های زیست مولکولی پروتئین‌ها، مولکول‌های کوچک و اسیدهای نوکلئیک، با تمرکز اصلی بر شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کلاسیک (MD) در سطوح اتمی، درشت دانه، و کوانتومی/اب-ابتدا می‌پردازد. فصل‌های این کتاب به چهار بخش تقسیم می‌شوند: بخش اول به تکنیک‌های اخیر مورد استفاده در توسعه مدل‌های فیزیکی و شیمیایی پروتئین‌ها، مولکول‌های کوچک، اسیدهای نوکلئیک و لیپیدها می‌پردازد. بخش دوم در مورد نمونه گیری پیشرفته و محاسبات انرژی آزاد بحث می کند. بخش سوم در مورد رویکردهای محاسباتی و تجربی یکپارچه برای شبیه سازی های بیومولکولی صحبت می کند. و قسمت چهارم بر تجزیه و تحلیل، تجسم و مقایسه شبیه‌سازی‌های بیومولکولی تمرکز دارد. این فصل‌ها که با فرمت بسیار موفق روش‌ها در زیست‌شناسی مولکولی نوشته شده‌اند، شامل مقدمه‌ای بر موضوعات مربوطه، فهرستی از مواد و معرف‌های لازم، پروتکل‌های آزمایشگاهی گام به گام، قابل تکرار آسان و نکاتی در مورد عیب‌یابی است. و اجتناب از دام های شناخته شده.
پیشرفته و جامع، شبیه سازی های زیست مولکولی: روش ها و پروتکل ها منبع ارزشمندی برای محققان تازه کار و متخصصی است که علاقه مند به مطالعه حوزه های مختلف شبیه سازی های بیومولکولی و کشف هستند. ابزارهای جدید برای پیشرفت پروژه های آینده خود.

This volume explores the recent advancements in biomolecular simulations of proteins, small molecules, and nucleic acids, with a primary focus on classical molecular dynamics (MD) simulations at atomistic, coarse-grained, and quantum/ab-initio levels. The chapters in this book are divided into four parts: Part One looks at recent techniques used in the development of physic-chemical models of proteins, small molecules, nucleic acids, and lipids; Part Two discusses enhanced sampling and free-energy calculations; Part Three talks about integrative computational and experimental approaches for biomolecular simulations; and Part Four focuses on analyzing, visualizing, and comparing biomolecular simulations. Written in the highly successful Methods in Molecular Biology series format, chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible laboratory protocols, and tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls.
Cutting-edge and comprehensive, Biomolecular Simulations: Methods and Protocols is a valuable resource for both novice and expert researchers who are interested in studying different areas of biomolecular simulations, and discovering new tools to progress their future projects.