Bioinformatics: Problem solving paradigms

اصول اساسی برای تجزیه و تحلیل مسئله و طراحی الگوریتم وجود دارد که به طور مداوم در بیوانفورماتیک استفاده می شود. این کتاب بر ارائه واضح این اصول متمرکز است، آنها را به شیوه ای مستقل، ریاضی واضح و دقیق ارائه می کند، و آنها را با مطالعات موردی زیادی از زمینه های اصلی بیوانفورماتیک (مانند توالی و نقشه برداری، ذخیره سازی و دستکاری رشته ها، الگو) نشان می دهد. تطبیق، هم ترازی، شناسایی ژن، بازآرایی ژنوم، پیش بینی ساختار، شبکه های نظارتی، تشخیص گره کاذب). تاکید بر الگوریتمی "مرواریدها" بیوانفورماتیک است، و نشان می دهد که با نگاهی مناسب به آنها، ممکن است همه چیز نسبتاً ساده شود. این کتاب با یک کتابشناسی کامل، از نتایج تحقیقات کلاسیک گرفته تا یافته‌های بسیار اخیر، پایان می‌یابد که نکات بسیاری را برای تحقیقات آینده ارائه می‌کند. به طور کلی، این جلد به طور ایده آل برای دوره های کارشناسی ارشد یا کارشناسی ارشد در بیوانفورماتیک، با تمرکز قوی بر پیشینه ریاضی و علوم کامپیوتر آن مناسب است.

این کتاب پارادایم های اساسی مسئله را برجسته می کند. تجزیه و تحلیل و طراحی الگوریتم در زمینه مسائل اصلی بیوانفورماتیک مضامینی که از نظر ریاضی سخت می‌خواهند با بازنمایی‌های درست انتخاب‌شده و با کمک بسیاری از تصاویر در اختیار خواننده قرار می‌گیرند.

(پروفسور دکتر آمیتاوا داتا، UWA، پرت، استرالیا)

نوشته شده توسط یک دانشمند نظری کامپیوتر، این کتاب کاملا مکمل کتاب های درسی استاندارد از دیدگاه روش های حل مسئله به طور مداوم در بیوانفورماتیک بکار می رود.

(پروفسور دکتر گئورگ فوئلن، دانشگاه گریفسوالد، آلمان)

There are fundamental principles for problem analysis and algorithm design that are continuously used in bioinformatics. This book concentrates on a clear presentation of these principles, presenting them in a self-contained, mathematically clear and precise manner, and illustrating them with lots of case studies from main fields of bioinformatics (e.g. sequencing and mapping, string storage and manipulation, pattern matching, alignment, gene identification, genome rearrangement, structure prediction, regulatory networks, pseudoknot detection). Emphasis is laid on algorithmic "pearls" of bioinformatics, showing that things may get rather simple when taking a proper view into them. The book closes with a thorough bibliography, ranging from classic research results to very recent findings, providing many pointers for future research. Overall, this volume is ideally suited for a senior undergraduate or graduate course on bioinformatics, with a strong focus on its mathematical and computer science background.

This book highlights basic paradigms of problem analysis and algorithm design in the context of core bioinformatics problems. Mathematically demanding themes are put across to the reader by properly chosen representations with the aid of lots of illustrations.

(Prof. Dr. Amitava Datta, UWA, Perth, Australia)

Written by a theoretical computer scientist, the book perfectly complements standard textbooks from the point of view of problem solving methods continuously applied in bioinformatics.

(Prof. Dr. Georg Fuellen, Univ. Greifswald, Germany)