Bioinformatics for Glycobiology and Glycomics: An Introduction

دسته بندی: مولکولی: بیوانفورماتیک
ویرایش: 1 
نویسندگان: Claus-Wilhelm von der Lieth,  Thomas Luetteke,  Martin Frank  
سری:  
ISBN (شابک) : 0470016671, 9780470016671 
ناشر: Wiley 
سال نشر: 2010 
تعداد صفحات: 505 
زبان: English 
فرمت فایل : PDF (درصورت درخواست کاربر به PDF، EPUB یا AZW3 تبدیل می شود) 
حجم فایل: 9 مگابایت 

قیمت کتاب (تومان) : 37,000

این کتاب اولین کتابی است که به بیوانفورماتیک کربوهیدرات ها و گلیکوپروتئین ها اختصاص یافته است. این مقدمه ای برای این رشته نوظهور علم برای تجربی گرایان شاغل در گلیکوبیولوژی و گلیکومیک، و همچنین برای دانشمندان کامپیوتری که به دنبال اطلاعات پس زمینه برای توسعه رویکردهای الگوریتمی بسیار پیچیده هستند، فراهم می کند. این کتاب با مروری بر پایگاه‌های اطلاعاتی و ابزارهای مورد استفاده برای تجزیه و تحلیل، تفسیر و پیش‌بینی ساختار کربوهیدرات‌های پیچیده، مروری بر پیشرفت‌های روز در این زمینه ارائه می‌کند و ارزش بیوانفورماتیک برای گلیکوبیولوژی را نشان می‌دهد. .

در دسترس بودن پایگاه‌های اطلاعاتی جامع و ابزارهای بیوانفورماتیک مربوطه، برای دسترسی و تجزیه و تحلیل مقادیر زیادی از داده‌های تجربی مربوط به ساختار کربوهیدرات‌ها، پیش‌نیاز موفقیت پروژه‌های گلیکومیک در مقیاس بزرگ خواهد بود که هدفشان رمزگشایی جدید است. عملکردهای بیولوژیکی گلیکان ها تاکنون ناشناخته است. توصیفات و ابزارهای بیوانفورماتیک کارآمد می‌تواند کارایی تحقیقات گلیکومیک را از نظر کیفیت داده‌ها، تجزیه و تحلیل و هزینه‌های آزمایشی به طور قابل‌توجهی افزایش دهد.

برای درک کامل فرآیندهای مولکولی که در آن کربوهیدرات ها دخیل هستند، مانند فعل و انفعالات پروتئین-کربوهیدرات و تأثیر گلیکوزیلاسیون بر عملکرد پروتئین، دانش ساختار سه بعدی کربوهیدرات، کمپلکس پروتئین-کربوهیدرات، یا گلیکوپروتئین اغلب ضروری است. این کتاب مقدمه ای کامل بر روش های مورد استفاده برای تجزیه و تحلیل ساختاری کربوهیدرات ها ارائه می دهد.

ویژگی های کلیدی:

• رویکردهای بیوانفورماتیکی برای مدیریت آنزیم های فعال کربوهیدرات و گلیکوزیلاسیون را شرح می دهد.
• مروری بر ابزارهای بیوانفورماتیکی ارائه می دهد که تجزیه و تحلیل ساختارهای کربوهیدرات را تسهیل می کند.
• مقدمه ای بر مدل سازی مولکولی ساختار 3 بعدی کربوهیدرات و کربوهیدرات های موجود در بانک اطلاعات پروتئین ارائه می دهد.
• فقط دانش اولیه زیست شناسی و بیوانفورماتیک را فرض می کند.

This book is the first to be dedicated to the bioinformatics of carbohydrates and glycoproteins.   It provides an introduction to this emerging field of science both for the experimentalist working in glycobiology and glycomics, and also for the computer scientist looking for background information for the development of highly sophisticated algorithmic approaches.  The book provides an overview of the state-of-the-art in the field, with reviews on databases, and the tools in use for analysis, interpretation, and prediction of the structures of complex carbohydrates, and demonstrates the value of bioinformatics for glycobiology. 

The availability of comprehensive databases and corresponding bioinformatics tools, to access and analyse the large amounts of experimental data relating to the structure of carbohydrates, will be a prerequisite for the success of the large-scale glycomics projects that aim to decipher new, so far unknown, biological functions of glycans.   Efficient bioinformatics descriptions and tools can considerably enhance the efficiency of glycomics research, in terms of data quality, analysis and experimental costs.

For a complete understanding of the molecular processes in which carbohydrates are involved, such as protein–carbohydrate interactions and the impact of glycosylation on protein function, knowledge of the 3D structure of the carbohydrate, the protein–carbohydrate complex, or the glycoprotein is often indispensable. This book provides a thorough introduction into methods used for conformational analysis of carbohydrates.

Key features:

• Describes bioinformatic approaches to handle carbohydrate-active enzymes and glycosylation.
• Provides an overview on bioinformatics tools that facilitate analysis of carbohydrate structures.
• Gives introduction into molecular modelling of carbohydrate 3D structure and carbohydrates contained in the Protein Databank.
• Assumes only a basic knowledge of biology and bioinformatics. 

Bioinformatics for Glycobiology\nand Glycomics......Page 5
Contents......Page 7
List of Contributors......Page 11
Preface......Page 17
Section 1: Introduction......Page 25
1. Glycobiology, Glycomics and (Bio)Informatics......Page 27
Section 2: Carbohydrate Structures......Page 45
2. Introduction to Carbohydrate Structure and Diversity......Page 47
3. Digital Representations of Oligo- and Polysaccharides......Page 73
4. Evolutionary Considerations in Studying the Sialome: Sialic Acids and the Host–Pathogen Interface\n......Page 93
Section 3: Carbohydrate-active Enzymes and Glycosylation......Page 113
5. Carbohydrate-active Enzymes Database: Principles and Classification of Glycosyltransferases......Page 115
6. Other Databases Providing Glycoenzyme Data......Page 143
7. Bioinformatics Analysis of Glycan Structures from a Genomic Perspective......Page 149
8. Glycosylation of Proteins......Page 167
9. Prediction of Glycosylation Sites in Proteins......Page 187
Section 4: Experimental Methods – Bioinformatic Requirements......Page 217
10. Experimental Methods for the Analysis of Glycans and Their Bioinformatics Requirements......Page 219
11. Analysis of N- and O-Glycans of Glycoproteins by HPLC Technology......Page 227
12. Glycomic Mass Spectrometric Analysis and Data Interpretation Tools......Page 247
13. Software Tools for Semi-automatic Interpretation of Mass Spectra of Glycans......Page 281
14. Informatics Concepts to Decode Structure-Function Relationships of Glycosaminoglycans......Page 293
15. NMR Databases and Tools for Automatic Interpretation of Spectra of Carbohydrates......Page 319
16. Automatic Spectrum Interpretation Based on Increment Rules: CASPER......Page 335
17. Interpretation of 13C NMR Spectra by Artificial Neural Network Techniques (NeuroCarb)......Page 345
Section 5: 3D Structures of Complex Carbohydrates......Page 359
18. Conformational Analysis of Carbohydrates – A Historical Overview......Page 361
19. Predicting Carbohydrate 3D Structures Using Theoretical Methods......Page 383
20. Synergy of Computational and Experimental Methods in Carbohydrate 3D Structure Determination and Validation......Page 413
Section 6: Protein–Carbohydrate Interaction......Page 437
21. Structural Features of Lectins and Their Binding Sites......Page 439
22. Statistical Analysis of Protein–Carbohydrate Complexes Contained in the PDB......Page 457
Section 7: Appendices......Page 471
Appendix 1: List of Available Websites......Page 473
Appendix 2: Glossary......Page 477
Index......Page 485
Color Plates......Page 497