Bioconductor Case Studies

نرم‌افزار Bioconductor به یک ابزار استاندارد برای تجزیه و تحلیل و درک داده‌های حاصل از آزمایش‌های ژنومیک با توان بالا تبدیل شده است. کاربرد آن حوزه وسیعی از فناوری های مورد استفاده در زیست شناسی مولکولی معاصر را در بر می گیرد. در این جلد، نویسندگان مجموعه‌ای از موارد را برای استفاده از ابزار Bioconductor در تجزیه و تحلیل داده‌های بیان ژن ریزآرایه ارائه می‌کنند. موضوعات تحت پوشش عبارتند از:

* واردات و پیش پردازش داده ها از منابع مختلف

* مدل سازی آماری بیان ژن دیفرانسیل

* فراداده بیولوژیکی

* استفاده از نمودارها و ارائه نمودار

* یادگیری ماشینی برای مشکلات خوشه بندی و طبقه بندی

* تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژن

هر فصل از این کتاب تجزیه و تحلیلی از داده های واقعی با استفاده از رویکردهای مبتنی بر مثال عملی تمرین های کوتاه به فرآیند یادگیری کمک می کند و ملاحظات پیشرفته تری را در مورد موضوعات کلیدی دعوت می کند. کتاب یک سند پویا است. تمام کدهای نشان داده شده را می توان بر روی یک کامپیوتر محلی اجرا کرد و خوانندگان قادر به بازتولید هر محاسبات، شکل و جدول هستند.

نویسندگان این کتاب تجربه طولانی در تدریس دوره های مقدماتی و پیشرفته برای برنامه دارند. نرم افزار Bioconductor فلوریان هانه یک پست دکترا در مرکز تحقیقات سرطان فرد هاچینسون در سیاتل است که روش‌های جدیدی را برای تجزیه و تحلیل داده‌های سلولی-بیولوژیکی با کارایی بالا توسعه می‌دهد. ولفگانگ هوبر رهبر گروه تحقیقاتی آزمایشگاه بیولوژی مولکولی اروپا در موسسه بیوانفورماتیک اروپایی در کمبریج است. او تجربه گسترده ای در توسعه روش هایی برای تجزیه و تحلیل آزمایش های ژنومیک عملکردی دارد. رابرت جنتلمن رئیس برنامه زیست شناسی محاسباتی در مرکز تحقیقات سرطان فرد هاچینسون در سیاتل است و او یکی از دو نویسنده سیستم اصلی R است. ست فالکون یکی از اعضای تیم اصلی R و مدیر پروژه سابق و توسعه دهنده پروژه Bioconductor است.

Bioconductor software has become a standard tool for the analysis and comprehension of data from high-throughput genomics experiments. Its application spans a broad field of technologies used in contemporary molecular biology. In this volume, the authors present a collection of cases to apply Bioconductor tools in the analysis of microarray gene expression data. Topics covered include

* import and preprocessing of data from various sources

* statistical modeling of differential gene expression

* biological metadata

* application of graphs and graph rendering

* machine learning for clustering and classification problems

* gene set enrichment analysis

Each chapter of this book describes an analysis of real data using hands-on example driven approaches. Short exercises help in the learning process and invite more advanced considerations of key topics. The book is a dynamic document. All the code shown can be executed on a local computer, and readers are able to reproduce every computation, figure, and table.

The authors of this book have longtime experience in teaching introductory and advanced courses to the application of Bioconductor software. Florian Hahne is a Postdoc at the Fred Hutchinson Cancer Research Center in Seattle, developing novel methodologies for the analysis of high-throughput cell-biological data. Wolfgang Huber is a research group leader in the European Molecular Biology Laboratory at the European Bioinformatics Institute in Cambridge. He has wide-ranging experience in the development of methods for the analysis of functional genomics experiments. Robert Gentleman is Head of the Program in Computational Biology at the Fred Hutchinson Cancer Research Center in Seattle, and he is one of the two authors of the original R system. Seth Falcon is a member of the R core team and former project manager and developer for the Bioconductor project.