Analysis of Phylogenetics and Evolution with R

در دسترس بودن روزافزون پایگاه‌های داده‌های مولکولی و ژنتیکی همراه با قدرت رو به رشد رایانه‌ها به زیست‌شناسان فرصت‌هایی را می‌دهد تا به مسائل جدید، مانند الگوهای تکامل مولکولی، و ارزیابی مجدد موارد قدیمی، مانند نقش سازگاری بپردازند. در تنوع گونه‌ها.

در ویرایش دوم، کتاب به ادغام طیف گسترده‌ای از روش‌های تجزیه و تحلیل داده‌ها در یک رابط واحد و انعطاف‌پذیر ادامه می‌دهد: زبان R. این زبان منبع باز برای طیف گسترده ای از سیستم های کامپیوتری در دسترس است و به عنوان یک محیط محاسباتی توسط بسیاری از نویسندگان نرم افزارهای آماری پذیرفته شده است. اتخاذ R به عنوان یک ابزار اصلی برای تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک، گردش کار در تجزیه و تحلیل داده های زیست شناسان را تسهیل می کند، تکرارپذیری علمی بیشتر را تضمین می کند و تبادل ایده ها و پیشرفت های روش شناختی را افزایش می دهد. نسخه دوم به‌روزرسانی شده است و طیف کامل بسته‌های R را برای این منطقه پوشش می‌دهد که از زمان انتشار قبلی آن در پنج سال پیش به بازار معرفی شده‌اند. همچنین فصل جدیدی در مورد شبیه سازی داده های تکاملی وجود دارد.

دانشجویان فارغ التحصیل و محققان زیست شناسی تکاملی می توانند از این کتاب به عنوان مرجعی برای تجزیه و تحلیل داده ها استفاده کنند، در حالی که محققان بیوانفورماتیک علاقه مند به تجزیه و تحلیل های تکاملی نحوه پیاده سازی این روش ها را در R یاد خواهند گرفت. کتاب با ارائه ای از بسته های R مختلف را ارائه می دهد و مقدمه کوتاهی از R را برای فیلوژنتیک هایی که با این زبان آشنا نیستند ارائه می دهد. موضوعات اساسی فیلوژنتیک پوشش داده شده است: دستکاری داده های فیلوژنتیک، تخمین فیلوژنی، ترسیم درخت، روش های مقایسه ای فیلوژنتیک، و برآورد شخصیت های اجدادی. فصل ترسیم درخت از محیط گرافیکی قدرتمند R استفاده می کند. بخشی به تجزیه و تحلیل تنوع با فیلوژنی ها، یکی از موضوعات مورد علاقه پژوهشی نویسنده می پردازد. فصل آخر به توسعه روش های فیلوژنتیک با R و رابط با زبان های دیگر (C و C) اختصاص دارد. برخی تمرین‌ها این فصل‌ها را به پایان می‌رسانند.

The increasing availability of molecular and genetic databases coupled with the growing power of computers gives biologists opportunities to address new issues, such as the patterns of molecular evolution, and re-assess old ones, such as the role of adaptation in species diversification.

In the second edition, the book continues to integrate a wide variety of data analysis methods into a single and flexible interface: the R language. This open source language is available for a wide range of computer systems and has been adopted as a computational environment by many authors of statistical software. Adopting R as a main tool for phylogenetic analyses will ease the workflow in biologists' data analyses, ensure greater scientific repeatability, and enhance the exchange of ideas and methodological developments. The second edition is completed updated, covering the full gamut of R packages for this area that have been introduced to the market since its previous publication five years ago. There is also a new chapter on the simulation of evolutionary data.

Graduate students and researchers in evolutionary biology can use this book as a reference for data analyses, whereas researchers in bioinformatics interested in evolutionary analyses will learn how to implement these methods in R. The book starts with a presentation of different R packages and gives a short introduction to R for phylogeneticists unfamiliar with this language. The basic phylogenetic topics are covered: manipulation of phylogenetic data, phylogeny estimation, tree drawing, phylogenetic comparative methods, and estimation of ancestral characters. The chapter on tree drawing uses R's powerful graphical environment. A section deals with the analysis of diversification with phylogenies, one of the author's favorite research topics. The last chapter is devoted to the development of phylogenetic methods with R and interfaces with other languages (C and C++). Some exercises conclude these chapters.