Aide memoire de toute la biochimie

Table des Matières......Page 4
 Introduction......Page 14
 CHAPITRE 1 - Aminoacides, peptides et protéines......Page 20
 Les ɑ-aminoacides......Page 21
 La chaîne polypeptidique et ses conformations......Page 27
 Reploiement des chaînes polypeptidiques des protéines globulaires hydrosolubles......Page 31
 Des motifs de reploiement, ou structures supersecondaires, sont formés à partir d'hélices ɑ et/ou de brins ß......Page 33
 Les structures des protéines peuvent être réparties en trois classes......Page 35
 La prédiction de la structure tridimensionnelle des protéines est-elle possible ?......Page 37
 Liaisons et interactions des protéines......Page 39
 Liaison d'un ligand sur un seul site......Page 40
 Liaison de plusieurs ligands sur des sites différents : interactions hétérotropiques......Page 43
 Modèle concerté......Page 44
 Les protéines sont-elles des démons de Maxwell ?......Page 45
 Appendice : structures X et RMN des protéines......Page 47
 CHAPIRE 2 - Nucléotides et acides nucléiques......Page 50
 Les nucléotides......Page 51
 Liaison phosphodiester et acides nucléiques......Page 53
 Acide désoxyribonucléique ou DNA......Page 55
 Formes tridimensionnelles alternatives du DNA......Page 57
 Acides ribonucléiques ou RNA......Page 59
 CHAPITRE 3 - Glucides et glycoconjugués......Page 64
 Centres d'asymétrie des oses : le glycéraldéhyde......Page 65
 Filiation des oses......Page 67
 Structure cyclique des oses......Page 71
 Dérivés des oses......Page 77
 La liaison glycosidique......Page 79
 Amidon et glycogène......Page 81
 Cellulose et chitine......Page 83
 Protéoglycanes......Page 85
 Les glycoprotéines......Page 87
 Les lipopolysaccharides......Page 91
 CHAPITRE 4 - Lipides et membranes cellulaires......Page 94
 Lipides de réserve : les triacylglycérols......Page 95
 Lipides membranaires : les glycérophospholipides et les sphingolipides......Page 97
 Stérols et stéroïdes......Page 99
 Double couche lipidique et membranes biologiques......Page 101
 CHAPITRE 5 - Cinétique enzymatique......Page 106
 Théorie du complexe stéréospécifique et propriétés cinétiques des enzymes......Page 107
 Équation de Michaelis-Menten......Page 109
 Détermination expérimentale des valeurs de V max et de K M......Page 110
 Le critère K cat / K M mesure la spécificité et l'efficacité des enzymes......Page 111
 Réactions mettant en présence plusieurs substrats......Page 113
 Effet de la température sur les réactions enzymatiques......Page 115
 Nature du pouvoir catalytique et de la spécificité des enzymes......Page 117
 Inactivation thermique des enzymes......Page 118
 CHAPITRE 6 - Stratégies moléculaires de la catalyse enzymatique......Page 120
 Le modèle serrure- clé et l'adaptation induite......Page 121
 La vitesse des réactions enzymatiques est affectée par le pH......Page 123
 La liaison stéréospécifique des réactifs joue un rôle important dans la catalyse enzymatique......Page 125
 Effet Circé......Page 127
 Effet de stabilisation de l'état de transition......Page 129
 Mécanisme de l'hydrolyse d'une liaison osidique par le lysozyme......Page 131
 Mécanisme de l'activation de la tyrosine par une aminoacyl-tRNA synthétase......Page 133
 Mécanisme d'action et classification des coenzymes......Page 135
 Les coenzymes nucléotidiques......Page 137
 Le motif de liaison des nucléotides et les déshydrogénases NAD- dépendantes......Page 139
 Le domaine de liaison de l'ATP est, lui aussi, semblable au domaine de liaison du NAD......Page 141
 Le pyridoxal phosphate......Page 143
 Rôle des cofacteurs métalliques......Page 145
 CHAPITRE 7 - Mécanismes de régulation de l'activité enzymatique......Page 150
 Inhibition compétitive des enzymes......Page 151
 Inhibition non compétitive des enzymes......Page 153
 Inhibition par excès de substrat......Page 155
 Des inhibiteurs de l'activité enzymatique sont des réactifs biochimiques ou des médicaments puissants et précieux......Page 157
 Enzymes allostériques......Page 161
 Modification covalente des enzymes......Page 163
 Activation des proenzymes......Page 165
CHAPITRE 8 - Métabolisme du glucose : glycolyse, voie des pentoses phosphate, glycogénogenèse et glycogénolyse, gluconéogenèse......Page 172
 Origine et transport du glucose......Page 173
 Métabolisme du glucose : vue d'ensemble......Page 175
 Glycolyse......Page 177
 Bilan de la glycolyse......Page 185
 Cancer et glycolyse......Page 186
 Métabolisme du galactose et du fructose......Page 187
 Voie des pentoses phosphate et création de NADPH et de pentoses......Page 189
 Glycogénogenèse......Page 191
 Glycogénolyse......Page 193
 Gluconéogenèse......Page 197
 Devenir du pyruvate......Page 200
 CHAPITRE 9 - Métabolisme des acides gras : b- oxydation et biosynthèse......Page 202
 Origine et transport des acides gras......Page 203
 ß- oxydation mitochondriale des acides gras......Page 205
 Biosynthèse cytosolique des acides gras......Page 207
 Contrôle du métabolisme des acides gras......Page 211
 CHAPITRE 10 - Métabolisme des aminoacides : désamination oxydative......Page 214
 Origine des aminoacides......Page 215
 Élimination et devenir du groupe amine des aminoacides......Page 217
 Destinée métabolique des squelettes carbonés des aminoacides......Page 223
 Le fumarate comme point d'entrée dans le flux métabolique......Page 225
 Le succinyl CoA comme point d'entrée dans le flux métabolique......Page 227
 La dégradation des aminoacides aromatiques fait intervenir des oxygénases......Page 229
 Erreurs innées du métabolisme des aminoacides......Page 231
 CHAPITRE 11 - Cycle de l'acide citrique......Page 234
 Formation de l'acétyl CoA à partir du pyruvate : le complexe pyruvate déshydrogénase......Page 235
 Oxydation de l'acétyl CoA par le cycle de l'acide citrique : vue d'ensemble......Page 237
 Réactions du cycle de l'acide citrique......Page 239
 Des intermédiaires du cycle de l'acide citrique sont d'importants précurseurs biosynthétiques......Page 245
 Le cycle de l'acide citrique est contrôlé en plusieurs points......Page 246
 Cycle du glyoxylate......Page 247
 CHAPITRE 12 - Phosphorylation oxydative......Page 250
 Transfert d'électrons, pompage de protons et phosphorylation oxydative......Page 251
 Les électrons de haut potentiel de transfert du NADH et du FADH2 activent la chaîne respiratoire mitochondriale......Page 253
 Origine du NADH et du FADH2......Page 255
 NADH- Q oxydoréductase......Page 257
 Les électrons du FADH2 des flavoprotéines ont l'ubiquinone pour point d'entrée dans la chaîne respiratoire mitochondriale......Page 259
 Q- cytochrome c oxydoréductase......Page 261
 Cytochrome c oxydase......Page 265
 L'ATP synthase couple la synthèse d'ATP à la rentrée des protons dans la matrice......Page 267
 Bilan de la phosphorylation oxydative......Page 269
 CHAPITRE 13 - Photosynthèse......Page 272
 Photorécepteurs moléculaires......Page 273
 Membranes thylacoïdes et photosystèmes......Page 275
 Le photosystème de type II des bactéries pourpres......Page 277
 Photosystème I des cyanobactéries......Page 280
 Photosystème II des chloroplastes......Page 283
 Photosystème I des chloroplastes......Page 285
 Gradient de protons, ATP synthase et photophosphorylation......Page 287
 Conversion du CO2 en polysaccharides......Page 289
 CHAPITRE 14 - Intégration et régulation du métabolisme énergétique......Page 292
 Contrôle des voies métaboliques énergétiques essentielles......Page 293
 Contrôle hormonal du métabolisme énergétique......Page 295
 CHAPITRE 15 - Biosynthèse des aminoacides......Page 304
 Incorporation de l'azote dans les biomolécules......Page 305
 Biosynthèse des aminoacides......Page 307
 Régulation de la biosynthèse des aminoacides......Page 315
 Biomolécules dérivées des aminoacides......Page 317
 CHAPITRE 16 - Biosynthèse des nucléotides......Page 320
 Synthèse de novo des ribonucléotides pyrimidiques......Page 321
 Synthèse de novo des ribonucléotides puriques......Page 325
 Le thymidylate est synthétisé par méthylation du désoxyuridylate......Page 327
SynthèseSynthèse du NAD+, du NADP+, du FAD et du coenzyme A......Page 329
 Syndrome de Lesch-Nyhan......Page 331
 CHAPITRE 17 - Biosynthèse des lipides membranaires et des stéroïdes......Page 334
 Biosynthèse des triacylglycérols et des glycérophospholipides......Page 335
 Biosynthèse des sphingolipides......Page 337
 Biosynthèse du cholestérol......Page 339
 Les triglycérides et le cholestérol sont transportés par des lipoprotéines......Page 343
 Dérivés du cholestérol......Page 345
 Hormones eicosanoïdes......Page 349
 Vitamines E, K et quinones......Page 351
 CHAPITRE 18 - Réplication du DNA......Page 354
 La réplication du DNA, mécanisme universel......Page 355
 Le DNA est synthétisé par des DNA polymérases......Page 357
 Réplication du DNA......Page 359
 Télomères......Page 361
 CHAPITRE 19 - Biosynthèse du RNA......Page 364
 La transcription chez les Procaryotes......Page 365
 La transcription chez les Eucaryotes......Page 369
 Maturation des mRNA des Eucaryotes......Page 371
 Certains RNA catalysent l'épissage des introns......Page 375
 Domaines d'interaction protéines régulatrices- DNA......Page 377
 Domaines d'interaction protéine- protéine......Page 381
 Régulation de la transcription chez les Procaryotes......Page 385
 Régulation de la transcription chez les Eucaryotes......Page 387
 Superfamille des récepteurs nucléaires......Page 389
 CHAPITRE 20 - Biosynthèse des protéines......Page 394
 Les ribosomes......Page 395
 Activation des aminoacides......Page 397
 Initiation......Page 399
 Élongation......Page 401
 Régulation de la synthèse des protéines......Page 403
CHAPITRE 21 - Oxygène : transport et mise en réserve......Page 408
 Rôle du fer dans le transport de l'oxygène......Page 409
 Structure des myoglobines et oxymyoglobines......Page 411
 Structure des hémoglobines et des oxyhémoglobines......Page 413
 Évolution des gènes de globine......Page 415
 Fonction des myoglobines et des hémoglobines......Page 417
 Le 2,3- bisphosphoglycérate diminue l'affinité de l'hémoglobine pour l'oxygène......Page 419
 La désoxyhémoglobine S est très peu soluble......Page 421
 Pathologie des gènes de l'hémoglobine......Page 423
 CHAPITRE 22 - Système immunitaire......Page 426
 Vue d'ensemble du système immunitaire......Page 427
 Protéines du complexe majeur d'histocompatibilité et présentation des antigènes cellulaires......Page 433
 Récepteur des cellules T et reconnaissance des complexes antigène- CMH......Page 437
 Destruction des cellules cible par les lymphocytes T cytotoxiques......Page 439
 Immunoglobulines et fixation des antigènes......Page 441
Index......Page 452