A Laboratory Guide to In Vitro Studies of Protein-DNA Interactions

ملاحظات ایمنی بسیاری از تکنیک‌های شرح داده شده در اینجا شامل تعدادی خطر می‌شوند، مانند جریان و ولتاژ الکتریکی بالا، رادیواکتیویته و مواد شیمیایی بسیار سمی. کاملاً ضروری است که دستورالعمل های سازندگان تجهیزات رعایت شود و توجه ویژه به مقررات ایمنی محلی و فدرال شود. B مقدمه بیان ژن های پروکاریوتی و یوکاریوتی اغلب در سطح سنتز mRNA تنظیم می شود. به لطف توسعه سریع روش‌هایی برای تشریح توالی‌های DNA، عناصر تنظیم‌کننده فعال سیس مانند پروموترها و تقویت‌کننده‌ها شناسایی شده‌اند. اخیراً، این شهود به طور گسترده بیان شده که توالی‌های مجزا در این عناصر مکان‌های اتصالی برای پروتئین‌های اتصال خاص توالی را تشکیل می‌دهند، به‌ویژه از طریق استفاده از سنجش‌های "ردپای" تایید شده است (برای مثال، گالاس و اشمیتز، 1978). این و سنجش‌های مشابه قبلاً منجر به شناسایی، جداسازی و تجزیه و تحلیل پروتئین‌های متصل‌کننده به DNA برای چندین ژن شده است. بررسی‌های بسیار خوبی از مطالعات ساختاری روی این پروتئین‌های تنظیم‌کننده رونویسی و عناصر DNA مرتبط وجود دارد (به عنوان مثال، گلوور، 1989 و جانسون و مک‌نایت، 1989)، که خواننده برای اطلاعات دقیق به آنها ارجاع داده می‌شود. برای تنظیم صحنه برای کاربردهای تکنیک های شرح داده شده در این جلد، تنها طرح کلی مطالعات قبلی در اینجا ارائه شده است. فعل و انفعالات پروتئین-DNA وابسته به پیکربندی های سوم خاص پروتئین اتصال است که نزدیک ترین تماس را با مارپیچ DNA امکان پذیر می کند.

A Safety Considerations Many techniques described here involve a number of hazards, such as high electrical current and voltage, radioactivity and highly toxic chemicals. It is absolutely essential that the instructions of equipment manufacturers be followed, and that particular attention be paid to the local and federal safety regulations. B Introduction The expression of prokaryotic and eukaryotic genes has been shown most often to be regulated at the level of mRNA synthesis. Thanks to the rapid development of methods for dissecting DNA sequences, cis-acting regulatory elements such as promoters and enhancers have been recognised. More recently, the widely expressed intuition that discrete sequences within these elements constitute binding sites for sequence-specific binding proteins has been confirmed, especially through the use of "footprinting" assays (for examples, Galas and Schmitz, 1978). This and similar assays have already resulted in the recognition, isolation and analysis of DNA-bind­ ing proteins for several genes. Excellent reviews exist of the structural studies on these transcription regulatory proteins and related DNA elements (for example, Glover, 1989 and Johnson and McKnight, 1989), to which the reader is referred for detailed information. To set the scene for applications of the techniques described in this volume, only the barest outline of previous studies is presented here. Protein-DNA interactions are dependent on very specific tertiary configurations of the binding protein which allow the closest contact with the DNA helix.